Revista Colombiana de Biotecnología vol. 25 num. 2 lang. en
- Multifunctionality of biocontrol fungi and their contribution to agricultureel julio 26, 2024 a las 10:16 pm
- Biofunctionalization of silk fibroin-based surfaces for potential use in cardiovascular applicationsel julio 26, 2024 a las 10:16 pm
RESUMEN En el presente trabajo, se biofuncionalizaron con heparina películas fabricadas a base de fibroína (SF) y polivinil alcohol (PVA) utilizando dos técnicas diferentes, la primera por acople de carbodiimida y la segunda por aprovechamiento de interacciones electrostáticas, buscando conseguir un comportamiento antitrombogénico en la superficie de las películas fabricas para su potencial uso como biomateriales para la fabricación de implantes cardiovasculares. Las muestras biofuncionalizadas fueron sometidas a una prueba de coagulación de sangre para verificar el éxito de dicha biofuncionalización. Los resultados mostraron que las muestras biofuncionalizadas por acople de carbodiimida, además de presentar una actividad antitrombogénica superior a las biofuncionalizadas por aprovechamiento de interacciones electrostáticas, presentaban valores de ángulos de contacto más cercanos a los de los materiales para la fabricación de implantes cardiovasculares, y que también, la biofuncionalización no afecta significativamente las propiedades mecánicas y superficiales de las películas fabricadas.ABSTRACT In the present work, fibroin, and polyvinyl alcohol (PVA) - based films were biofunctionalized using two different techniques, the first by carbodiimide coupling and second by exploiting electrostatic interactions, seeking to achieve antithrombogenic behavior on the surface of the manufactured films for their potential use as biomaterials for the manufacture of cardiovascular implants. The biofunctionalized samples were submitted to the blood clotting test to verify the success of said biofunctionalization. The results showed that the samples biofunctionalized by carbodiimide coupling, in addition to presenting a higher antithrombogenic activity than those biofunctionalized by taking advantage of electrostatic interactions, presented contact angles values closer to those of the materials for the manufacture of cardiovascular implants, and that also, the biofunctionalization does not significantly affect the mechanical and surface properties of the fabricated films
- Quantification of the expression of the amo-A gene in bacterial and archaeal populations present in soil samples from a rice field characterized by environmentsel julio 26, 2024 a las 10:16 pm
RESUMEN El ciclo del nitrógeno representa uno de los procesos biogeoquímicos más importantes para los ecosistemas terrestres y acuáticos. Las comunidades microbianas desempeñan un papel crucial en los procesos de transformación del nitrógeno en el suelo, ya que participan en diversas etapas como la nitrificación, de gran importancia para la producción agrícola. Dentro de los marcadores moleculares más utilizados para evaluar la actividad de poblaciones microbianas oxidantes de amonio se han considerado ampliamente los genes que codifican enzimas claves como la subunidad A de la actividad amonio monooxigenasa (AMO). Sin embargo, no se comprende completamente si la expresión de esta enzima tiene relación directa con el rendimiento de los cultivos. En este contexto, se evaluó la expresión del gen amo-A de comunidades bacterianas y archaeales presentes en un lote arrocero previamente caracterizado por ambientes. Para cuantificar la abundancia de arqueas y bacterias oxidantes de amonio, (AOA y AOB, respectivamente) se emplearon las técnicas de PCR en tiempo real (RT-qPCR) y PCR digital (RT-dPCR). En este trabajo se encontró a través del análisis de datos metagenómicos que hubo una mayor presencia de AOB en las muestras de suelo rizosférico mientras que las AOA fueron predominantes en las muestras de suelo de soporte “bulk”, sin embargo, no se detectó la expresión del gen amo-A asociada a la comunidad de bacterias en las muestras de suelo analizadas. Por otra parte, no se presentaron diferencias entre los transcritos del gen amo-A asociados a la comunidad de AOA de los ambientes caracterizados. Además, la expresión de transcritos no estuvo relacionada con alguna de las propiedades químicas evaluadas. Finalmente, las estrategias de cuantificación para RT-qPCR (plásmido y templete) resultaron ser homólogas y funcionales para identificar la expresión del gen amo-A de AOA, mientras que la técnica de RT-dPCR fue más precisa para el análisis de la comunidad de AOB y AOA.ABSTRACT The nitrogen cycle represents one the most important biogeochemical process for terrestrial and aquatic ecosystems. Microbial communities play a crucial role in the processes of transformation of soil nitrogen in the, since they participate in various stages such as nitrification, which is of great importance for agricultural production. Among the most used molecular markers to assess ammonium oxidizing microbial populations activity have been considered widely the genes encoding key enzymes such as ammonium monooxygenase (AMO) subunit A. However, it is not fully understood whether the expression of this enzyme is directly related to the crop yield. In this context, this research work evaluated the expression of the amo-A gene of bacterial and archaeal communities present in a rice field previously characterized by environments. Real-time PCR (RT-qPCR) and digital PCR (RT-dPCR) techniques were used to quantify the abundance of archaea and ammonium-oxidizing bacteria (AOA and AOB, respectively). In this work it was found that in the analysis of metagenomic data there was a greater presence of AOB in rhizospheric soil samples while AOA were predominant in bulk soil samples, however, the expression of the amo-A gene was not detected. associated with the community of bacteria in the soil samples analyzed. On the other hand, it was found that the transcripts of the amo-A gene of the AOA community did not present differences between the characterized environments. Furthermore, the expression of transcripts is not related to any of the chemical properties evaluated. Finally, the quantification strategies for RT-qPCR (plasmid and quenching) turned out to be homologous and functional to identify the expression of the AOA amo-A gene, while the RT-dPCR technique was more precise for the analysis of the community of AOB and AOA.
- Evaluation of virulence factors in clinical isolates of pathogenic E. coli in avian samples in Caloto, Colombiael julio 26, 2024 a las 10:16 pm
ABSTRACT Avian pathogenic E. coli (APEC), produces an extraintestinal infection in chickens, turkeys, and other types of birds, called colibacillosis, which is considered one of the main causes of economic losses due to morbidity, mortality, and discard of poultry carcasses. The objective of the present study was to characterize the genetic profile of the virulence factors of different isolates of avian E. coli in Caloto, Cauca, Colombia. Materials and methods: E. coli was isolated and identified by biochemical tests, from 47 clinical isolates. Subsequently, the DNA was extracted using Chelex. Three multiplex PCRs were designed to amplify 13 virulence factors (iroN, hlyF, iss, iutA, frz, vat, sitA, KpsM, sitD, fimH, pstB, sopB, and uvrY), using primers previously reported for each. At the end, the amplification products were verified on agarose gels. Each isolate was classified according to the number of virulence factors: group A (between 10 and 13), group B (between 5 and 9), and group C (4 or less). Discussion and Conclusions: we were able to identify the presence of a group of virulence factors in clinical isolates of APEC, which allows us to demonstrate that both the frequency and the profile of virulence factors in the isolated strains showed a different profile than the reported by other authors. The virulence genes pstB and fimH were detected in all our samples, and the iss gene was the one with the lowest frequency. Finally, according to the number of virulence factors, the group A was the most frequent.RESUMEN La E. coli patógena aviar (APEC), produce una infección extraintestinal en pollos, pavos y otros tipos de aves, denominada colibacilosis, la cual es considerada una de las principales causas de pérdidas económicas por morbilidad, mortalidad y descarte de canales de aves. El objetivo del presente estudio fue caracterizar el perfil genético de los factores de virulencia de diferentes aislamientos de E. coli aviar en Caloto, Cauca, Colombia. Materiales y métodos: E. coli se aisló e identificó mediante pruebas bioquímicas, a partir de 47 aislamientos clínicos. Posteriormente, el ADN se extrajo utilizando Chelex. Se diseñaron tres PCR multiplex para amplificar 13 factores de virulencia (iroN, hlyF, iss, iutA, frz, vat, sitA, KpsM, sitD, fimH, pstB, sopB y uvrY), utilizando primers informados previamente para cada uno. Al final, los productos de amplificación fueron verificados en geles de agarosa. Cada aislamiento se clasificó según el número de factores de virulencia: grupo A (entre 10 y 13), grupo B (entre 5 y 9) y grupo C (4 o menos). Discusión y Conclusiones: pudimos identificar la presencia de un grupo de factores de virulencia en los aislados clínicos de APEC, lo que nos permite demostrar que tanto la frecuencia como el perfil de los factores de virulencia en las cepas aisladas presentaron un perfil diferente al reportado por otros autores. Los genes de virulencia pstB y fimH se detectaron en todas nuestras muestras, siendo el gen iss el de menor frecuencia. Finalmente, según el número de factores de virulencia, el grupo A fue el más frecuente.
- Use of probiotics in the catfish Sorubim cuspicaudus larvicultureel julio 26, 2024 a las 10:16 pm
ABSTRACT Sorubim cuspicaudus, a migratory catfish distributed in the Magdalena, Sinú, and Catatumbo river basins, is categorized as vulnerable to extinction. Production of fingerlings in controlled environments stands as a strategic conservation approach, and larviculture is a critical phase in rearing this species. Probiotics are used for improvement in the critical stages of fingerling production. The study aimed to evaluate the use of probiotics (Bacillus subtilis and Bacillus licheniformis) during the larviculture phase of S. cuspicaudus. Larvae at 42 hours post-hatching (1.5±0.1mg, total length 5.7±0.4mm) were treated with four levels of probiotic inclusion in the water: 0, 5, 10, and 20ppm for 22 days. Water quality remained within suitable ranges for neotropical catfish species larviculture and the parameters assessed were weight gain (Gw), length gain (Gl), specific growth rate (G), survival rate (S), stress resistance (Sr), intestinal fold length (LF), and colony-forming units (CFU) count. Results showed higher Gl (22.23±3.5mm), Gw (40.0±12.6mg), G (14.9±1.5%/day), LP (205±72.7µm), and CFU (118.7±80.9) were found at 20 ppm (p<0.05). However, S and Sr exhibited no significant differences among treatments (p>0.05). The findings of this study suggest that probiotics (Bacillus subtilis and Bacillus licheniformis) could be used as an alternative to advance in the S. cuspicaudus larviculture.RESUMEN Sorubim cuspicaudus, un bagre migratorio distribuido en las cuencas de los ríos Magdalena, Sinú y Catatumbo, se encuentra catalogado como una especie vulnerable a la extinción. La producción de alevinos en ambientes controlados es considerada como una estrategia crucial para su conservación, y la larvicultura es una fase crítica en la cría de esta especie. Para mejorar esta fase crítica de producción de alevinos se utilizan probióticos. El estudio tenía como objetivo evaluar el uso de probióticos (Bacillus subtilis y Bacillus licheniformis) durante la fase de larvicultura de S. cuspicaudus. Las larvas, a las 42 horas post eclosión (1,5±0,1mg, longitud total 5,7±0,4mm) fueron tratadas con cuatro niveles de inclusión de probióticos en el agua: 0, 5, 10 y 20ppm durante 22 días. La calidad del agua se mantuvo dentro de los rangos adecuados para la larvicultura de especies neotropicales de bagre y los parámetros evaluados fueron el aumento de peso (Gw), el aumento de longitud (GL), la tasa específica de crecimiento (G), la tasa de supervivencia (S), la resistencia al estrés (Sr), la longitud del pliegue intestinal (LF) y el recuento de unidades formadoras de colonias (UFC). Los resultados mostraron mayores GL (22,23±3,5 mm), Gw (40,0±12,6 mg), G (14,9±1,5%/día), LP (205±72,7 µm) y UFC (118,7±80,9) a 20 ppm (p<0,05). Sin embargo, S y Sr no mostraron diferencias significativas entre tratamientos (p>0,05). Los resultados de este estudio sugieren que los probióticos (Bacillus subtilis y Bacillus licheniformis) podrían utilizarse como alternativa para avanzar en la larvicultura de S. cuspicaudus.